คุณลักษณะและหน้าที่ของโปรตีนจับไคตินของแบคทีเรียในทะเล
ชื่อผู้แต่งข้างต้นเป็นข้อความจากระเบียนผลงาน ไม่ได้ผูกกับรหัสนักวิจัย จึงกดดูผลงานอื่นของบุคคลนี้ไม่ได้ — ในคลังนี้ 142,080 ผลงาน (63.6% ของทั้งหมด) มีชื่อผู้แต่งที่เชื่อมกับหน้าผู้แต่งได้ และ 60,298 ผลงาน (27.0%) มีผู้แต่งที่ผูกกับรหัสนักวิจัยจริง ส่วนอีก 81,382 ผลงานไม่มีข้อมูลผู้แต่งเลย (มีชื่อผู้แต่งเป็นข้อความอยู่ 142,009 ผลงาน = 63.5%)
บทคัดย่อ
ในการศึกษานี้ทำการตรวจหายีน cbp จากเชื้อ vbrio harveyi โดยยีนนี้สร้างโปรตีนจับไคตินเรียกว่า VhCBP รีคอมบิแนนท์โปรตีนที่ผลิตใน E. coli สายพันธุ์ BL.21 Rosetta strain มีน้ำหนักโมแลกุล 61 kDa ผลการสอบการจับไคตินโดยวิธี chitin-binding assay พบว่าโปรตีน VhCBP ไม่สามารถจับไคตินโพลีเมอร์ได้ แต่การทดสอบด้วยเทคนิค ITC พบว่าโปรตีนนี้ชอบจับกับไคโตโอลิโกแชคคาร์ไรด์สายสั้น ๆ คือ GIcNAc2,3,4 ด้วยค่าคงที่การแตกตัวของการจับ (Kd) อยู่ระหว่าง 30-60 nM และปฏิกิริยาการจับเป็นแบบ exothernic reaction และพบว่าโปรตีนไม่สามารถจับกับน้ำตาลโมโนเมอร์ GIcNAc2 และไคโตโอลิโกแขคคาร์ไรต์สายยาว GIcNAC5,6 ได้ ในการศึกษาผนึกเชิงช้อนของ VhCBP กับน้ำตาลไคโตไบโอสหรือ GlcNAc2 พบว่าผลึกเดียวที่ได้มีค่าการหักรังสีเอ็กซ์ได้ที่ highest resolution เท่ากับ 1.36 A ในการวิเคราะห์โครงสร้างอย่างละเอียดพบโปรตีนประกอบด้วยสองโดเมนประกอบกันโดยผิวสัมผัสของโดเมนบนและโดเมนล่างจะประกอบกันเป็นบริเวณจับกับน้ำตาล โดยบริเวณนี้มีลักษณะโครงรูปเบบเปิดเมื่อไม่มีน้ำตาลเกาะอยู่แต่จะเปลี่ยนเป็นโครงรูปปิดเมื่อมีน้ำตาลเกาะอยู่ การเกาะกันระหว่างน้ำตาลและโปรตีนจะเกิดจากแรงไฮโดรโฟบิกระหว่างแหวนของน้ำตาล และโปรตีนจะเกิดจากแรงไฮโดรโฟบิกระหว่างวงแหวนของน้ำตาลกับกรดอะมีโนวงแหวนสองตัวคือ Trp363 กับ Trp563 และพันธะไฮโดเจนระหว่างหมู่ acetamido และหมู่ OH ของน้ำตาลกับกรดอะมิโนที่มีแขนงช้างแบบโฟลาร์ได้แก่ Asn204 Asp365 Asn409 Arg436 และ Glu10 โดยรายงานนี้ถือรายงานแรกเกี่ยวกับโครงสร้างและหน้าที่ของโปรตีนจับไคตินในเพอริพลาสซึมของแบคทีเรียกลุ่ม Vibrio