การศึกษาทรานสคริปโตมของประชากรย่อยของเซลล์ที (CD4+ NKG2D+ T cells) ที่ทำให้เกิดพยาธิสภาพ
ชื่อผู้แต่งข้างต้นเป็นข้อความจากระเบียนผลงาน ไม่ได้ผูกกับรหัสนักวิจัย จึงกดดูผลงานอื่นของบุคคลนี้ไม่ได้ — ในคลังนี้ 142,080 ผลงาน (63.6% ของทั้งหมด) มีชื่อผู้แต่งที่เชื่อมกับหน้าผู้แต่งได้ และ 60,298 ผลงาน (27.0%) มีผู้แต่งที่ผูกกับรหัสนักวิจัยจริง ส่วนอีก 81,382 ผลงานไม่มีข้อมูลผู้แต่งเลย (มีชื่อผู้แต่งเป็นข้อความอยู่ 142,009 ผลงาน = 63.5%)
บทคัดย่อ
จากการศึกษาก่อนหน้านี้ พบกลุ่มเซลล์ประชากรย่อยชนิด ที ที่มีการแสดงออกของ ซีดีสี่ และเอ็เคจีทูดี ซึ่งไม่พบในคนปกติ แต่พบในโรคอักเสบเรื้อรังหลายโรค และโรคภูมิแพ้ต่อตนเอง และจากการศึกษาของคณะผู้วิจัยเองในผู้ป่วยเบาหวานชนิดที่สอง พบว่าการหลั่ง อินเตอร์ลิวคินสิบเจ็ด ของเซลล์กลุ่มดังกล่าว เกิดจากการกระตุ้นด้วยแอนติบอดีต่อเอ็นเคจีทูดี การศึกษาเส้นทางการส่งสัญญาณที่เกี่ยวข้อง และการควบคุมทรานสคริปต์ในเซลล์ดังกล่าวยังไม่ทราบแน่ชัด วัตถุประสงค์ของโครงการนี้ ซึ่งเป็นโครงการต่อเนื่อง 3 ปี คือ เพื่อศึกษาทรานสคริปโตม ที่แสดงออกในเซลล์ดังกล่าว โดยเฉพาะอย่างยิ่ง เมื่อมีและไม่มีการกระตุ้นด้วยแอนติบอดีต่อเอ็นเคจีทูดี รวมทั้งการศึกษาลักษณะเฉพาะของทรานสคริปต์ และการส่งสัญญาณภายในเมื่อถูกกระตุ้นด้วยแอนติบอดีต่อเอ็นเคจีทูดี โดยในปีแรกจะเป็นการพัฒนาเทคโนโลยีใหม่ เพื่อใช้ในการตรวจหาสภาวะของผู้ที่มีเซลล์ดังกล่าวในระดับสูง (?6%) จากคนที่มีระดับเซลล์ดังกล่าวต่ำ (?3%) ในตัวอย่างซีรั่ม เอ็กโซโซม และ เอชดีแอล ด้วยเทคนิค Attenuated Total Reflectance-Fourier Transform Infrared (ATR-FTIR) spectroscopy ร่วมกับ machine learning algorithms ได้แก่ J48 Decision Tree, Support Vector Machine (SVM), Random Forest (RF) และ Neural Network (NN) โดย ATR-FTIR ร่วมกับ NN สามารถวิเคราะห์ แยกสเป็กตัมซีรั่มของผู้ที่มี เซลล์ CD4+CD28-NKG2D+IL17+ ในระดับสูงและต่ำออกจากกัน ด้วยความแม่นยำ ความจำเพาะ และความไว เท่ากับ 100% ในแถบช่วงคลื่น 1800–900 cm-1 และเอ็กโซโซม ในแถบช่วงคลื่น 1700–1500 ร่วมกับ 3000–2800 และ 1800–900 cm-1 ด้วยความแม่นยำ 95% แต่มีความจำเพาะ และความไวไม่แน่นอนนัก รวมทั้งการแยก HDL ในแถบช่วงคลื่น 1800–900 cm-1 ด้วยความแม่นยำ ความจำเพาะ และความไว เท่ากับ 97%, 95% และ 100% ตามลำดับ คณะผู้วิจัยได้ใช้เทคโนโลยีดังกล่าวในการหาอาสาสมัครที่เหมาะสมเข้าร่วมโครงการได้ 8 คน ก่อนที่จะส่งทำ RNA sequencing ผู้วิจัยได้จัดตั้งวิธีทดสอบ quantitative reverse transcriptase – polymerase chain reaction (qRT-PCR) ของจีนที่สนใจเพื่อให้แน่ใจว่าตัวอย่างมีความเหมาะสม และศึกษาการแสดงออกแบบไคเนติกของอาร์เอ็นเอและโปรตีน ของจีน CD3, CD4, NKG2D และ IL-17 ร่วมกับโปรตีนด้วยวิธี โฟลไซโตมิตรี โดยการออกแบบไพร์เมอร์ และสารมาตรฐานควบคุมผลบวก 2 ชนิด ซึ่งเป็นพลาสมิดที่มีลำดับเบสของ CD3/CD4 และ NKG2D/IL-17a สำหรับการทดสอบหาจีนดังกล่าว โดยพบว่าอุณหภูมิที่เหมาะสมสำหรับการเพิ่มจำนวน ทรานสคริปต์ของ CD3, CD4, NKG2D และ IL-17 คือ 58, 66, 58 and 58oซ ตามลำดับ การวิเคราะห์ข้อมูลไคเนติกของอาร์เอ็นเอและโปรตีนอยู่ในระหว่างดำเนินการ อาร์เอ็นเอจากเซลล์ CD3+CD4+NKG2D- และ CD3+CD4+NKG2D+ ที่ถูกกระตุ้นด้วยแอนติเอ็นเคจีทูดีและไม่ถูกกระตุ้น จากตัวอย่างทั้ง 8 ราย แต่มีเพียง 6 รายที่มีคุณภาพของอาร์เอ็นเอเหมาะสม จำนวนทั้งสิ้น 24 ตัวอย่าง ได้ถูกส่งไปทำ RNA sequencing เพื่อให้ได้ข้อมูลใช้ในการวิเคราะห์ต่อไป