การพัฒนาวิธี Oligonucleotide ligation assay สำหรับตรวจเชื้อไวรัสเอชไอวีสายพันธุ์ CRF01_AE ที่กลายพันธุ์และดื้อต่อยาต้านไวรัสเอดส์
ชื่อผู้แต่งข้างต้นเป็นข้อความจากระเบียนผลงาน ไม่ได้ผูกกับรหัสนักวิจัย จึงกดดูผลงานอื่นของบุคคลนี้ไม่ได้ — ในคลังนี้ 142,080 ผลงาน (63.6% ของทั้งหมด) มีชื่อผู้แต่งที่เชื่อมกับหน้าผู้แต่งได้ และ 60,298 ผลงาน (27.0%) มีผู้แต่งที่ผูกกับรหัสนักวิจัยจริง ส่วนอีก 81,382 ผลงานไม่มีข้อมูลผู้แต่งเลย (มีชื่อผู้แต่งเป็นข้อความอยู่ 142,009 ผลงาน = 63.5%)
บทคัดย่อ
การศึกษานี้ได้ทำการพัฒนาและประเมินผลวิธี Oligonucleotide ligation assay ซึ่งอาศัยโพรบจำเพาะ เพื่อใช้เป็นวิธีตรวจเชื้อเอชไอวีที่ดื้อต่อยาต้านไวรัสที่เป็นสายพันธุ์ CRF01_AE ในการที่จะจำแนกเชื้อดื้อยาจากการกลายพันธุ์ที่ตำแหน่งกรดอะมิโนลำดับที่ 184 และ 103 ของเอนไซม์รีเวอร์สทรานสคริปเทสของเชื้อไวรัส (HIV-1 Reverse transcriptase)จึงได้ทำการหาสภาวะที่เหมาะสมคือ ความต้องการปริมาณโพรบ ปริมาณสารตั้งต้นที่เป็น template และปริมาณเอนไซม์ ligase ที่จำเป็นในปฎิกิริยา ซึ่งปริมาณสารตั้งต้นที่เป็น template ดังกล่าว มาจาก plasmid TOPO ที่ได้แทรกยีนส์ pol ของเชื้อไวรัสที่ทราบมาก่อนแล้วว่าเป็นเชื้อชนิดปกติหรือเชื้อที่มีการกลายพันธุ์ ส่วนโพรบจำเพาะที่สังเคราะห์ ได้จากการออกแบบโดยอาศัยข้อมูลลำดับเบสจากฐานข้อมูลสาธารณะและจากข้อมูลของนักวิจัยในโครงการ ในกรณีที่พบว่ามีความหลากหลายของเบส (polymorphism)ในบางตำแหน่งนั้น จะออกแบบให้เป็น degeneracy ของเบส ณ ตำแหน่งนั้น ในการตรวจหาความไวของวิธีการนี้ พบว่าสามารถตรวจเชื้อกลายพันธุ์ที่ดื้อยาได้ในหากปรากฎในระดับ 3% ถึง 5% ท่ามกลางเชื้อปกติ จากการนำวิธี OLA นี้ไปใช้ตรวจเชื้อกลายพันธุ์ที่ดื้อยาต้านไวรัสจากสิ่งส่งตรวจที่เก็บเก่า (จำนวนตัวอย่าง 40 ราย) เปรียบเทียบกับวิธีมาตรฐานการดูลำดับเบส โดยการตรวจเชื้อ 184V และ103N พบว่ามีร้อยละของความสอดคล้องกัน 75% (kappa statistic = 0.47) และ 87.5% (kappa statistic = 0.84) ตามลำดับ ผลจากการศึกษานี้ช่วยให้มีข้อมูลในการนำไปใช้พัฒนาและปรับปรุงวิธีการดังกล่าวในการตรวจการกลายพันธุ์ที่ตำแหน่งอื่นๆ รวมทั้งในการศึกษาต่อไปถึงศักยภาพของวิธีการดังกล่าวในการตรวจเชื้ออชไอวีในจากผู้ติดเชื้อ ที่เป็นการศึกษาแบบไปข้างหน้า