การค้นหาตัวตัวยับยั้ง NS2B/NS3 โปรติเอสของไวรัสเดงกี่จากฐานข้อมูลสมุนไพรไทยโดยอาศัยวิธีการคัดสรรเสมือนจริงและการจำลองพลวัตเชิงโมเลกุล
ชื่อผู้แต่งข้างต้นเป็นข้อความจากระเบียนผลงาน ไม่ได้ผูกกับรหัสนักวิจัย จึงกดดูผลงานอื่นของบุคคลนี้ไม่ได้ — ในคลังนี้ 142,080 ผลงาน (63.6% ของทั้งหมด) มีชื่อผู้แต่งที่เชื่อมกับหน้าผู้แต่งได้ และ 60,298 ผลงาน (27.0%) มีผู้แต่งที่ผูกกับรหัสนักวิจัยจริง ส่วนอีก 81,382 ผลงานไม่มีข้อมูลผู้แต่งเลย (มีชื่อผู้แต่งเป็นข้อความอยู่ 142,009 ผลงาน = 63.5%)
บทคัดย่อ
ไวรัสที่ก่อให้เกิดโรคไข้เดงกี่ที่เป็นปัญหาสำคัญปัญหาหนึ่งในประเทศไทยคือไวรัสเดงกี่ โดยในปัจจุบันยังไม่มียาหรือวัคซีนที่มีประสิทธิภาพที่ดีในการรักษาผู้ป่วยไวรัสเดงกี่ยังคงเป็นการรักษาตามอาการที่เกิดขึ้น ในงานวิจัยนี้จะใช้วิธีการทางเคมีคอมพิวเตอร์เพื่อที่จะทำการค้นหาตัวยับยั้งเอนไซม์เอ็นเอส 3 โปรติเอสตัวใหม่ โดยอาศัยระเบียบวิธีการคัดสรรเสมือนจริง (Virtual screening) ซึ่งทำการค้นหาจากฐานข้อมูลทางโครงสร้างของสมุนไพรไทย (chemiebase) ที่มีประมาณ 2500 โครงสร้าง และต่อจากนั้นทำการศึกษาถึงการวางตัวของโครงสร้างของสารจากสมุนไพรไทยเหล่านี้ โดยอาศัยวิธีการโมเลกุลาร์ด๊อคกิ้ง และการจำลองพลวัตเชิงโมเลกุล โดยจากผลการศึกษาได้นำเสนอโครงสร้างจากสมุนไพรจำนวน 3 โครงสร้าง (CPD1-3) เพื่อเสนอแนวทางความเป็นไปได้ของโครงสร้างจากฐานข้อมูลสมุนไพรไทยที่จะสามารถพัฒนาเป็นตัวยับยั้งเอนไซม์เอ็นเอส 3 โปรติเอสโดยเปรียบเทียบกับความสามารถในการจับของตัวยับยั้งที่มีผลการทดลอง จากการจำลองพลวัตเชิงโมเลกุลสารทั้งสามที่ได้สามารถจับกันได้ดีกับกรดอะมิโนในโพรงการจับของเอนไซม์เอ็นเอส 3 โปรติเอส นอกจากนี้ข้อมูลที่ได้ยังบอกถึง ความสำคัญของกรดอะมิโนที่มีต่อการจับของตัวยับยั้งดังนี้คือ โครงสร้าง CPD1 สามารถสร้างพันธะไฮโดรเจนที่สำคัญและแข็งแรงกับกรดอะมิโนไกลซีนตำแหน่ง 133 และเซอรีน135 ในเอนไซม์เอ็นเอส 3 โปรติเอสสำหรับโครงสร้าง CPD2 สามารถสร้างพันธะไฮโดรเจนที่สำคัญและแข็งแรงกับกรดอะมิโนแอสปาติค 81 ในเอนไซม์เอ็นเอส 2 บีและทรีโอนีน 134 ในเอนไซม์เอ็นเอส 3 โปรติเอส และโครงสร้าง CPD3 สามารถสร้างพันธะไฮโดรเจนที่สำคัญ และแข็งแรงกับกรดอะมิโนอาร์จินีน 54 ในเอนไซม์เอ็นเอส 3 โปรติเอส ดังนั้นจากการศึกษาด้วยระเบียบวิธีการจำลองโมเลกุลที่ได้สามารถนำเสนอสารจากฐานข้อมูลสมุนไพรที่น่าจะพัฒนาเป็นตัวยับยั้งเอนไซม์เอ็นเอส 3 โปรติเอสได้