การค้นหาเครื่องหมายโมเลกุลเพื่อบ่งชี้ระดับพัฒนาการรังไข่ของกุ้งกุลาดำจากข้อมูลไมโครอะเรย์ด้วยเทคนิคการทำเหมืองข้อมูล

บทคัดย่อ

งานวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์ศึกษาและพัฒนาขั้นตอนวิธีการค้นหายีนสำคัญ (Informative Gene) ที่มีผลต่อระดับพัฒนาการรังไข่ของกุ้งกุลาดำด้วยขั้นตอนวิธีเชิงพันธุกรรม (Genetic Algorithm) และศึกษาความสำคัญของคุณลักษณะ (ยีน) ที่ถูกเลือกจากขั้นตอนวิธีการที่นำเสนอในเชิงชีววิทยาสำหรับผลที่มีต่อการเจริญเติบโตของรังไข่ของกุ้งกุลาดำ โดยทำการศึกษาวิจัยกับข้อมูลไมโครอะเรย์ ซึ่งแสดงระดับการแสดงออกของยีนต่าง ๆ ที่มีผลต่อระดับพัฒนาการของรังไข่ของกุ้งกุลาดำที่ได้จากการวิจัยของ Uawisetwathana และคณะ (2011) การทดอลงจะเริ่มจากการพัฒนาตัวแบบสำหรับการทำนายขนาดของรังไข่ โดยใช้ค่าการแสดงออกของยีนเพื่อทำนายค่าดัชนีความสมบูรณ์เพศ (GSI) ซึ่งเป็นค่าดัชนีที่ใช้บ่งบอกระยะของรังไข่ โดยใช้ขั้นตอนวิธีเชิงพันธุกรรมสำหรับการเลือกคุณลักษณะเพื่อใช้ในการทำนายค่า GSI ซึ่งได้จากผลรวมของค่าการแสดงออกของยีนที่ถูกเลือก โดยพบว่าจำนวนยีนที่เหมาะสมสำหรับตัวแบบที่พัฒนาขึ้น คือ 4 ยีน โดยให้ค่าความผิดพลาดอยู่ที่ 0.41 ? 0.08 จากนั้นจะทำการสร้างคำตอบที่ดีที่สุดมาจำนวนหนึ่งและหาความถี่ของคุณลักษณะที่ถูกเลือก พบว่า ยีนที่ถูกเลือกใช้บ่อย ๆ เป็นยีนที่สกัดได้จากหัวใจ (HT) และ เหงือก (GL) โดย 3 ลำดับแรกเป็นยีนที่ยังไม่ทราบหน้าที่การทำงาน ส่วนในลำดับที่ 4 ได้แก่ Guanine nucleotide binding3-like (GNL3) เป็นตัวสร้างโปรตีนในนิวเคลียส ทำหน้าที่ เกี่ยวข้องกับกระบวนการ pre-rRNA processing, การควบคุมการแบ่งเซลล์, ความคงตัวของปลาย telomere, genomic integrity (ความเป็นเนื้อเดียวกันของสารพันธุกรรม) และ รักษาสภาพการกลับมาแบ่งเซลล์ได้อีกของตัวอ่อนและเนื้อเยื่อสเต็มเซลล์ นอกจากนี้ ยีนส่วนใหญ่ที่ถูกเลือกยังเป็นยีนที่ยังไม่ทราบหน้าที่การทำงาน แต่จากการดูแนวโน้มของค่าการแสดงออกของยีนทุกตัวมีแนวโน้มของค่าการแสดงออกของยีนที่เพิ่มขึ้นเมื่อเวลาผ่านไปเหมือนกัน

คำสำคัญ