การพัฒนาเครื่องหมายดีเอ็นเอชนิด EST-SSR ในพยาธิใบไม้ตับคนชนิด Opisthorchis viverrini

บทคัดย่อ

โรคพยาธิใบไม้ตับยังคงแพร่ระบาดในประเทศไทย โดยเฉพาะภาคตะวันออกเฉียงเหนือ ของประเทศไทย ซึ่งพยาธิใบไม้ตับมีถิ่นแพร่กระจายในพ้ืนท่หีลายจังหวัด ซ่ึงอาจมีความแปรผัน ทางพันธุกรรมของพยาธิใบไม้ตับจากพ้ืนท่ตี่างกนัซ่ึงอาจจะส่งผลต่อการดื้อยาในอนาคต งานวิจัย ครั้งนี้จึงมีวัตถุประสงค์เพื่อพัฒนาเครื่องหมายดีเอ็นเอชนิด EST-SSR ของพยาธิใบไม้ตับคน ซึ่ง ได้จากฐานข้อมูลสาธารณะ GenBank ผลจากการสืบค้นพบข้อมูลล าดับ EST ของพยาธิใบไม้ตับ คนทั้งหมด 6,754 ล าดับ ซึ่งเป็น O. viverrini จ านวน 4,194 ล าดับ และ EST ของ O. falineus จ านวน 2,560 ล าดับ ซึ่งมี SSR จ านวน 82 ล าดับ การตรวจสอบ SSR พบว่าเป็นแบบ dimer ทั้งหมดและใน O. viverrini มีรูปแบบซ ้า TC จา นวนมากท่สีดุ คือ 22.37% ตามด้วย TA 21.05%, AT 10.53%, CT 7.89%, CG และGA 6.58%, TG,CA และAG 5.26%, AC และ GT 3.95% ส่วน GC พบน้อยท่สีุดคือ 1.32% จากการวิเคราะห์จา นวนซา ้มากท่สีุดคือ 10 ซ ้า น าล าดับ EST ท่ไีด้ไปออกแบบไพรเมอร์ได้จ านวน 5 คู่ จาก accession number ดังนี้ EL618957.1 , EL619119.1, EL619136.1, EL619995.1 และ EL620534.1 ซึ่งไพรเมอร์ นี้จะสามารถน าไปทดสอบความแปรผันของพันธุกรรมในพยาธิใบไม้ต่อไป

คำสำคัญ