การพัฒนาวิธีเรียลไทม์ อาร์ที-พีซีอาร์ และการตรวจจีโนไทป์ไวรัสโนโร เพื่อเฝ้าระวังโรคกระเพาะอาหารและลำไส้อักเสบเฉียบพลันจากอาหารและน้ำ

บทคัดย่อ

การศึกษานี้มีวัตถุประสงค์เพื่อพัฒนาวิธีเรียล-ไทม์ อาร์ที-พีซีอาร์ชนิด TaqMan แบบขั้นตอนเดียวโดยออกแบบไพร์เมอร์และตัวตรวจสอบใหม่สำหรับตรวจไวรัสโนโรเปรียบเทียบกับวิธีเรียล-ไทม์ อาร์ที-พีซีอาร์ อ้างอิง วิธีเรียล-ไทม์ อาร์ที-พีซีอาร์ ที่พัฒนาขึ้นตรวจอาร์เอ็นเอทรานสคริปต์ไวรัสโนโร GI มีความไว 1?104 RNA copies/ml สูงกว่าวิธีอ้างอิง (1?106 RNA copies/ml) และตรวจไวรัสโนโร GII มีความไว 1?103 RNA copies/ml สูงกว่าวิธีอ้างอิง (1?104 RNA copies/ml) ทั้งสองวิธีมีความจำเพาะสูงไม่เกิดปฏิกิริยาข้ามกับไวรัสก่อโรคผ่านทางเดินอาหารชนิดอื่น วิธีเรียล-ไทม์ อาร์ที-พีซีอาร์ ที่พัฒนาขึ้นสามารถตรวจ GI ในอุจจาระน้อยที่สุด 4.50?103 RNA copies/ml และ GII 1.28?103 RNA copies/ml ตรวจ GII ในสารละลายน้ำเข้มข้นน้อยที่สุด 2.67?104 RNA copies/ml และในสารละลายหอยนางรมเข้มข้น 1.91?104 RNA copies/ml ในตัวอย่างอุจจาระวิธีเรียล-ไทม์ อาร์ที-พีซีอาร์ ที่พัฒนา ขึ้นให้ผลบวก GI 3/10 ตัวอย่าง (ร้อยละ 30) มีปริมาณ 1.92?103 – 1.94?107 RNA copies/ml และวิธีอ้างอิงให้ผลบวก 1/10 ตัวอย่าง (ร้อยละ 10) 1.99?107 RNA copies/ml ทั้งสองวิธีสามารถตรวจ GII 10/10 ตัวอย่าง (ร้อยละ 100) 1.02?105 – 7.73?109 RNA copies/ml และ 8.01?104 – 7.88?109 RNA copies/ml ตามลำดับ วิธีเรียล-ไทม์ อาร์ที-พีซีอาร์ ที่พัฒนาขึ้นตรวจพบ GI ในน้ำ 1/5 ตัวอย่าง (ร้อยละ 20) มีปริมาณ 1.65?102 RNA copies/ml และ GII 1/2 ตัวอย่าง (ร้อยละ 50) 2.44?105 RNA copies/ml ขณะที่วิธีอ้างอิงไม่สามารถตรวจได้ ในกากตะกอนวิธีเรียล-ไทม์ อาร์ที-พีซีอาร์ ที่พัฒนาขึ้นตรวจพบ GI 8/12 ตัวอย่าง (ร้อยละ 66.7) มีปริมาณ 1.99?10 – 1.43?105 RNA copies/g แต่วิธีอ้างอิงไม่สามารถตรวจได้ อัตราการตรวจพบ GI แตกต่างอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ (p-value, 0.008) วิธีเรียล-ไทม์ อาร์ที-พีซีอาร์ ที่พัฒนาขึ้น ตรวจ GII ในกากตะกอน 2/12 ตัวอย่าง (ร้อยละ 16.7) มีปริมาณ 2.89?104 และ 5.49?104 RNA copies/g ส่วนวิธีอ้างอิงตรวจได้ 10/12 ตัวอย่าง (ร้อยละ 83.3) 8.29?102 – 9.63?104 RNA copies/g อัตราการตรวจพบ GII แตกต่างอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ (p-value, 0.008) ในหอยนางรมวิธีเรียล-ไทม์ อาร์ที-พีซีอาร์ ที่พัฒนาขึ้นตรวจ GI 8/26 ตัวอย่าง (ร้อยละ 30.8) มีปริมาณ 3.36?10 – 1.06?105 RNA copies/g ขณะที่วิธีอ้างอิงให้ผลลบทั้งหมด อัตราการตรวจพบแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ (p-value, 0.008) ทั้งสองวิธีสามารถตรวจไวรัสโนโร GII ได้เท่ากัน 3/15 ตัวอย่าง (ร้อยละ 20) มีปริมาณ 7.83?10 – 6.42?103 RNA copies/g และ 1.34?103 – 7.65?103 RNA copies/g ตามลำดับ เมื่อใช้วิธีอาร์ที-เนสต์ พีซีอาร์ ตรวจไวรัสโนโรในหอยนางรม ให้ผลบวก GI ร้อยละ 34.1 GII ร้อยละ 10.5 GI+GII ร้อยละ 1.2 และ GIV ร้อยละ 1.2 จีโนไทป์ที่ตรวจพบ ได้แก่ GI.2, GII.4, GII.17, GII.21 และ GIV.1 ผลการศึกษาแนะนำวิธีเรียล-ไทม์ อาร์ที-พีซีอาร์ ที่พัฒนาขึ้นสามารถใช้ตรวจหาปริมาณไวรัสโนโร GI และ GII ในตัวอย่างทางคลินิกและตัวอย่างสิ่งแวดล้อม ข้อมูลการปนเปื้อนและความหลากหลายของจีโนไทป์ไวรัสโนโรเป็นประโยชน์ต่อวิทยาการระบาดระดับโมเลกุลในการเฝ้าระวังโรคติดเชื้อไวรัสโนโร เพื่อป้องกันและควบคุมโรคกระเพาะอาหารและลำไส้อักเสบเฉียบพลัน

คำสำคัญ