การอนุรักษ์สัตว์ป่าสงวนละองละมั่งโดยใช้เทคนิคจีโนมิกและโปรตีโอมิกขั้นสูง

บทคัดย่อ

ละองละมั่งเป็นสัตว์ป่าสงวนชนิดหนึ่งของประเทศไทย ละองละมั่งในประเทศไทยมี 2 ชนิดย่อยคือ ละองละมั่งพันธุ์ไทย (Panolia eldii siamensis) ซึ่งมีเพียง 43 ตัวในศูนย์เพาะเลี้ยงสัตว์ป่า 3 แห่งในประเทศไทยและละองละมั่งพันธุ์พม่า (Panolia eldii thamin) ซึ่งพบได้มากกว่า มี 295 ตัวในศูนย์เพาะเลี้ยงสัตว์ป่า 12 แห่ง ดังนั้นการเพิ่มจำนวนประชากรของละองละมั่งจึงเป็นเรื่องจำเป็นอย่างยิ่ง การหาลำดับจีโนมทั้งหมดจะถูกใช้เพื่อสร้างจีโนมอ้างอิงของละองละมั่ง และการหาสนิปส์จีโนไทป์จากจีโนมของตัวอย่างหลายตัวอย่างในกลุ่มประชากรจะช่วยระบุอัตลักษณ์เฉพาะตัวและของชนิดย่อย ซึ่งมีประโยชน์ในการเพิ่มความหลากหลายทางพันธุกรรม การป้องกันการผสมพันธุ์เลือดชิดในกลุ่มประชากรขนาดเล็ก การพิสูจน์อัตลักษณ์กรณีการลักลอบค้าสัตว์ป่าผิดกฎหมายหรือในสถานที่เกิดเหตุอาชญากรรม การเปรียบเทียบจีโนมและข้อมูลเมตาจีโนมของกวางทั้งสองและกับกวางชนิดอื่นที่มีความใกล้ชิดในสายวิวัฒนาการคือกวางคุณพ่อดาวีด (Elaphurus davidianus) จะให้ข้อมูลที่มีค่าของยีนที่เกี่ยวข้องกับการสืบพันธุ์ ระบบภูมิคุ้มกัน เมทาบอลิสมและคุณสมบัติอื่น ๆ นอกจากนี้การศึกษาโปรตีโอมในซีรั่มของกลุ่มประชากรชนิดย่อย จะให้ข้อมูลปัจจัยที่เกี่ยวข้องกับระบบภูมิคุ้มกันของละองละมั่งทั้ง 2 ชนิดย่อย ข้อเสนอโครงการนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาและเปรียบเทียบจีโนมและโปรตีโอมในซีรั่มของละองละมั่งพันธุ์ไทยและละองละมั่งพันธุ์พม่า เพื่อสร้างฐานข้อมูลจีโนมอ้างอิง สนิปส์จากจีโนมทั้งหมดและปัจจัยที่เกี่ยวข้องกับระบบภูมิคุ้มกันของกวางทั้งสอง ในการศึกษาจีโนมจะเก็บตัวอย่างเลือดครบจากละองละมั่งพันธุ์ไทยและละองละมั่งพันธุ์พม่า สกัดจีโนมิกดีเอ็นเอจากเลือดครบของละองละมั่งเพศผู้ชนิดย่อยละ 1 ตัว นำมาหาลำดับเบสโดยใช้ long-read PacBio Sequel System ที่ 50x coverage และใช้ short-read Illumina HiSeq System ที่ 100x coverage เพื่อสร้างจีโนมอ้างอิง ตัวอย่างจากสัตว์อีก 15 ตัวในแต่ละชนิดย่อยจะถูกนำมาหาลำดับเบสโดยใช้ short-read Illumina HiSeq System ที่ 30x coverage สำหรับการทำสนิปส์ นอกจากนี้ตัวอย่างซีรั่มจากสัตว์อีก 15 ตัวในแต่ละชนิดย่อยจะถูกนำมาวิเคราะห์โปรตีโอมด้วย liquid chromatography tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) โดยยืนยันผลโปรตีโอมด้วย western blot

คำสำคัญ