การคัดเลือกพันธุ์ข้าวไทยที่ทนทานต่ออุณหภูมิสูง เพื่อใช้ในการวิเคราะห์หากลุ่มยีนที่ตอบสนองต่ออุณหภูมิสูง โดยใช้เทคนิค transcriptome sequencing (RNA-seq) (ปีที่ 3)
ชื่อผู้แต่งข้างต้นเป็นข้อความจากระเบียนผลงาน ไม่ได้ผูกกับรหัสนักวิจัย จึงกดดูผลงานอื่นของบุคคลนี้ไม่ได้ — ในคลังนี้ 142,080 ผลงาน (63.6% ของทั้งหมด) มีชื่อผู้แต่งที่เชื่อมกับหน้าผู้แต่งได้ และ 60,298 ผลงาน (27.0%) มีผู้แต่งที่ผูกกับรหัสนักวิจัยจริง ส่วนอีก 81,382 ผลงานไม่มีข้อมูลผู้แต่งเลย (มีชื่อผู้แต่งเป็นข้อความอยู่ 142,009 ผลงาน = 63.5%)
บทคัดย่อ
งานวิจัยนี้นาเทคโนโลยี Next Generation Sequencing (NGS) มาประยุกต์ใช้ เพื่อวิเคราะห์ลาดับ เบสของสารพันธุกรรมทั่วทั้งจีโนม หรือ เทคนิค Whole Genome Sequencing (WGS) และหาลาดับเบส เฉพาะส่วนที่มีการแสดงออกเป็น mRNA หรือ เทคนิค Transcriptome sequencing (RNA-seq) มาใช้ในการ ระบุยีนที่ตอบสนองต่ออุณหภูมิสูงในข้าว 2 พันธุ์ ได้แก่ พันธุ์ N22 ซึ่งเป็นพันธุ์ทนร้อนจากต่างประเทศ และ พิษณุโลก2 (PSL2) ซึ่งเป็นข้าวไทยลักษณะดี พันธุ์ไม่ทนร้อน ผลการตรวจสอบความแปรปรวนชนิด SNP และ InDel จากชุดข้อมูลลาดับเบสทั่วทั้งจีโนม (WGS) เปรียบเทียบกับจีโนมอ้างอิงของข้าวอินดิกา (93-11) พบว่าความแปรปรวนของลาดับเบส ทั้งชนิด SNP และ InDel ในข้าวพันธุ์ทนร้อน N22 มีค่ามากกว่าความแปรปรวนของลาดับเบสในข้าวพันธุ์ไม่ทนร้อน PSL2 ประมาณ 1.7 และ 1.6 เท่า ตามลาดับ ซึ่งความแปรปรวนของลาดับเบส ทั้งชนิด SNP และ InDel ในข้าวทั้ง 2 พันธุ์ พบมากที่สุดภายในบริเวณที่ไม่ถูกเข้ารหัสเป็นโปรตีนซึ่งเป็นผลผลิตของยีน ได้แก่ บริเวณ ลาดับเบสที่ อยู่ระหว่างยีน ด้านหน้ายีน ด้านท้ายยีน และในส่วนของอินทรอน ประมาณ 93-96% ของความแปรปรวน ทั้งหมดของลาดับเบสภายในจีโนมของข้าวทั้ง 2 พันธุ์ บริเวณที่ไม่ถูกเข้ารหัสเป็นโปรตีนเหล่านี้ อาจเกี่ยวข้อง กับการควบคุมการแสดงออกของยีน การทางานของโปรโมเตอร์และเทอร์มิเนเตอร์ของยีนในการควบคุม กระบวนการจาลอง DNA และกระบวนการดัดแปลง mRNA เพื่อให้ได้ผลผลิตโปรตีนที่หลากหลาย ผลการตรวจสอบกลุ่มยีนที่แสดงออกในใบข้าวและรวงข้าว ระยะ 51 ที่ตอบสนองต่ออุณหภูมิสูง ใน ข้าวทั้ง 2 พันธุ์ พบยีนที่แสดงออกในใบข้าวและรวงข้าวทั้งหมด 28,586 ยีน เป็นยีนที่แสดงออกทั้งในใบข้าว และรวงข้าว เฉพาะข้าวพันธุ์ทนร้อน N22 ที่อุณหภูมิสูง จานวน 386 ยีน โดยพบยีนที่สามารถสืบค้นข้อมูล คาอธิบายยีนจากฐานข้อมูลออนไลน์ได้ 168 ยีน และพบข้อมูลโปรตีนที่เป็นผลผลิตของยีนกลุมนี้ 51 ชนิด ใน จานวนนี้ มีโปรตีนหลายชนิดที่เกี่ยวข้องกับการตอบสนองต่อความร้อนและความเครียดรูปแบบต่างๆ รวมทั้ง พบโปรตีนที่มีความเกี่ยวข้องกับกลไกการป้องกันตัวเองของพืช การขนส่งอิเลคตรอน การส่งสัญญาณ และ การควบคุมการแสดงออกของยีน ข้อมูลความแปรปรวนทางพันธุกรรมระหว่างข้าวพันธุ์ทนร้อน N22 และ ข้าวพันธุ์ไม่ทนร้อน พิษณุโลก 2 (PSL2) ของกลุ่มยีนเหล่านี้ มีศักยภาพที่จะนาไปใช้พัฒนาเครื่องหมายดีเอ็นเอ ชนิดเครื่องหมายจากหน้าที่ (functional marker) ที่มีประสิทธิภาพในการคัดเลือกลักษณะทนร้อนในโครงการปรับปรุงพันธุ์ข้าวทนร้อนใน อนาคตได้อย่างแม่นยามากกว่าการใช้เครื่องหมายดีเอ็นเอ ชนิดอื่นๆ