การพัฒนาระบบคอมพิวเตอร์กลุ่มเมฆเพื่อช่วยในการออกแบบสารยับยั้งไคเนสโดยใช้โครงสร้าง

บทคัดย่อ

งานวิจัยนี้เป็นการศึกษาการออกแบบยาโดยอาศัยพื้นฐานที่ว่าโครงสร้างที่จับโมเลกุลลิแกนด์ (ligand) แบบเดียวกันมักจะมีลักษณะทำซ้ำที่ตรวจสอบได้จากการ Superposition structure ปริมาณมาก และบริเวณที่พบตำแหน่งและชนิดของอะตอมซ้ำมากๆ จะเป็นบริเวณที่ควรละเว้นไว้ในการออกแบบยาส่วนบริเวณที่มีความแตกต่างจะแบ่งออกเป็น 2 ประเภทได้แก่ variation ทางด้าน distance และ variation ทางด้าน amino acid types ทางด้านของ distance นั้นเราสามารถตรวจสอบความยาวที่ส่งผลต่อความแน่นของการจับยาได้โดยการทำ multiple linear regression และ Partial least squares อนึ่ง ส่วนประกอบทั้งด้าน Direction, Distance, and residues ใช้เป็นหลักการพื้นฐานในการช่วยออกแบบยาโดยทางคณะผู้จัดทำได้ Design Software ขึ้นโดยมีองค์ประกอบได้แก่ 1 โมดูลที่ช่วยในการหา distance conservation โมดูลที่ 2 ได้แก่ วิธีหา distance variation เพื่อให้ผลลัพธ์ในการทำนายระยะที่ควรแคบลงหรือกว้างขึ้นเพื่อความสามารถที่ดีขึ้นในการจับกับยาที่มีโครงสร้างหลักใกล้เคียงกับ ลิแกนด์ ที่ใส่เข้าไปใน query สำหรับกลุ่มโครงสร้างที่ใช้ทดสอบได้แก่กลุ่มของโปรตีน kinase จับกับยารักษา chronic myeloid leukemia ที่ชื่อ Gleevec แต่สามารถวิธีเดียวกันนี้วิเคราะห์ยาประเภทสารยับยั้งไคเนสอื่นๆ ที่มีอยู่ในโปรตีนดาต้าแบงค์

คำสำคัญ